2007년부터 다주택자 및 비사업용토지에 대해 양도소득세 중과세율을 도입하였다. 이에 비사업용토지(나대지 등)를 소유한 납세자들이 중과세율을 피하기 위해 부동산매매업으로 사업자등록을 내는 경우가 빈번해 졌다. 일반거주자의 양도소득세 신고방법과 부동산매매업자의 세액계산방법 및 신고방법에 차이점이 있으므로 주의를 하여야 한다.

이 번호에서는 부동산매매업자의 세액계산에 대해 알아본다.

부동산매매업을 영위하는 거주자의 세액계산은 주택(부수토지 포함)을 양도하였을 경우와 주택이외의 토지 등을 양도하였을 경우에 따라 세액계산 방법이 다르다.
또한 부동산매매업자의 토지 또는 건물을 양도하였을 경우에는 그 매매차익과 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 날까지 매매차익 예정신고와 자진납부를 하여야 한다. 이는 매매차익이 없거나 매매차손이 발생한 경우에도 마찬가지로 예정신고 하여야 한다.

즉 개인의 부동산매매업에 대해서는 먼저 양도소득세율로 예정신고납부한 후 확정신고시 종합소득세율로 세액을 재계산하여 신고납부해야 한다. 이때 예정신고시 납부한 세액은 기납부세액으로 공제한다.
주의할 점은 주택매매사업(다주택보유자)에 대해서도 소득세를 중과한다는 것이다.

이는 다주택 소유자가 부동산매매업자로 등록하여 양도소득세율보다 낮은 종합소득세율을 적용받아 양도소득세 중과제도를 회피하는 사례를 방지하고,부동산매매업자와 양도소득세율을 적용받는 거주자간 과세형평을 도모하기 위해 개인의 주택매매사업소득에 대해 양도소득세율을 적용하도록 개정하였기 때문이다. 따라서 2010.12.31까지 양도하는분에 대해서 양도소득세 중과가 한시적으로 페지된바 부동산매매사업자도 동 규정을 적용받는다.

다른점이 있다면 예정신고시에 2년 미만의 단기양도라 하더라도 양도소득세율(40,50%)이 아닌 일반세율을 적용하는데 이는 예정신고시 높은세율로 납부하였다가 확정신고시 환급받는 사례가 빈번히 생기는 문제를 보완하기 위해 2009.1.1이후 양도하는 분부터 적용한다. 또한 부동산매매업자 중 미등기전매자에 대해서는 양도소득세의 미등기전매세율(70%)을 적용하도록 개정하였다.

부동산매매업자는 사업자이므로 장부를 기장하여야 하는데 취득실가가 확인되는 경우에는 실제취득가액을, 취득시 토지나 건물가액을 알 수 없을 경우에는 취득당시의 기준시가의 가액과 취득세등록세를 합하여 기장할 수 있다.

부동산매매업자는 양도소득세율을 적용하여 예정신고 하여도 다시 종합소득기본세율을 적용하여 확정신고를 하여야 한다. 또한 주택매매차익이 있는 1세대2주택이상에 해당하는 부동산매매업자의 경우에는 종합소득세율에 의한 산출세액과 양도소득세율에 의한 산출세액 중 많은 것을 적용한다.

위에서 살펴본바와 같이 부동산매매업에 대한 예정신고시 산출세액 계산방법이 확정신고시와는 달리 규정하고 있다. 확정신고시에는 소득금액 계산을 일반 사업소득금액 계산방법과 동일하게 계산하는데 반해 예정신고시에는 양도소득세법에 따라 계산하도록 하고 있는 것이다.

두가지 방법의 차이점은 첫째 확정신고시에는 필요경비로 자본적지출액은 물론 일반관리비도 포함하여 계산하나 예정신고시에는 일반관리비 등의 필용경비는 공제할 수 없다는 것이다. 또한 과세표준을 계산함에 있어서도 확정신고시에는 소득공제 등을 하여 세율을 적용하나 예정신고시에는 소득공제 대신에 양도소득세기본공제를 하도록 규정하고 있다.

둘째는 확정신고시에는 종합소득세율을 적용하지만 예정신고시에는 양도소득세율을 적용하는 것이다.

일반거주자는 양도소득세 예정신고이후 동일한 년도에 다른 양도소득금액이 없다면 예정신고로 확정 할 수 있다. 이와 달리 부동산매매업자는 토지 등 매매차익 예정신고 후 종합소득세과세표준 확정신고를 하지 않은 경우에는 예정신고를 하였다 하더라도 무신고로 보아 신고불성실가산세를 적용하기 때문에 주의하여야 한다.

부동산매매업을 영위하는 공동사업자가 자기의 지분을 양도하는 경우에도 당해 지분양도에 대해 매매차익예정신고 및 확정신고를 하여야 한다.