장기보유특별공제란 3년 이상 보유한 토지 건물의 양도차익에 대하여 보유기간별 공제액을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 그리고 양도소득 기본공제는 양도소득 금액이 있는 거주자에 대하여 250만원씩 일괄 공제하는 금액이다. 이러한 공제의 이유는 양도소득세가 양도가액에서 취득가액을 차감함으로써 보유기간의 물가상승율을 고려하지 아니하는데 있다.

이번 호에서는 이러한 장기보유특별공제에 대하여 살펴보기로 한다.

우선 장기보유 특별공제의 적용 대상은 3년 이상 보유하고 등기한 재산에 한한다. 이들 중 제외대상이 있는데 공통점은 국가에서 공제 혜택을 주기에는 조세 형평성 차원에서 무엇인가 문제가 있는 것들이다.
그 예로써 ① 부동산이 아닌 양도소득세 과세대상 자산(부동산에 관한 권리, 주식 등, 기타자산) ② 부동산으로서 보유기간 3년 미만인 경우 ③ 부동산 중 미등기 양도자산 ④ 중과세율 적용대상 3주택을 보유한 1세대로서 양도하는 주택이 60% 중과세율이 적용되는 주택 ⑤ 비사업용토지로써 60% 세율이 적용되는 자산을 들 수 있다.

이러한 자산의 보유기간은 양도자산의 취득일부터 양도일까지로 계산한다. 그러나 상속 자산의 경우에는 상속일로부터 계산하는 점이 상속에 대한 일반적 판단과는 다른 점에 유의하여야 한다. 보통 8년 자경 농지의 판단, 비사업용 토지의 판단, 1세대 1주택 주택의 보유기간 판정시에는 피상속인이 보유한 기간을 포함하기 때문이다.

이렇게 상속 개시일을 취득일로 보는 이유는 상속세 신고를 하면 자산 가액이 상속일 당시 가액으로 상승하여 취득가액 상승하기 때문이다. 여기에 장기보유 특별공제란 이중 혜택을 부여하기는 무리가 있다.
다음으로 직계존비속간 증여 후 5년내 타인에게 양도로 인한 양도소득세 이월과세가 적용되는 부동산은 등기부상 증여시기를 부인하고 최초 증여자의 취득시기로 장기보유 특별공제를 적용한다. 이 방법은 세율 적용시 기간 계산 적용도 장기보유특별공제의 기간과 같이 한다.

한편 장기보유특별공제율은 1세대 1주택의 경우와 기타 자산의 경우에 적용율이 다르다. 1세대 1주택의 경우에는 3년부터 10년까지 8%씩 적용받아 최소 3년 24%에서 최대 10년 이상 80%의 공제율을 적용받는다. 그리고 그 외 자산의 경우에는 3년 이상 보유시는 최소 10%, 4년에서 10년까지는 3%씩을 적용을 받아 4년 12%에서 최대 10년 이상 30%를 적용받는다.

이러한 1세대 1주택의 범위는 고가주택과 거주요건이나 보유요건 미충족으로 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못하여 과세되는 1세대 1주택과 상속, 동거봉양, 혼인등으로 2주택이지만 1세대 1주택으로 보는 경우를 말한다.

이때 토지와 주택의 보유기간이 서로 다를 수 있다. 주택보다 보유기간 긴 1주택 부수토지의 장기보유특별공제는 토지 보유기간에 따른 30% 장기보유특별공제율과 주택 부수토지로서 보유기간에 따른 80%의 장기보유특별공제율 중 큰 공제율을 적용하게 된다.

다음으로 양도소득 기본공제에 대하여 알아보자.

그 적용 방법은 Ⅰ그룹(토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 기타 자산)과 Ⅱ그룹(주식 및 출자지분)으로 나누어 1년에 1회만 적용한다.
그러나 미등기 자산의 경우에는 그 적용을 배제하는데 미등기 자산이라 하더라도 특정한 사유가 있는 자산은 그러하지 아니하다.

그 예로써 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산이거나 상속에 의하여 소유권이전등기를 하지 아니한 자산으로 공익사업법등에 의한 사업시행자에게 양도되는 자산이 이에 해당한다.

이러한 양도소득 기본공제의 적용 순서는 감면소득보다 먼저 적용하여 계산하고 차액에 대하여 감면을 적용한다. 그리고 양도순서가 불분명 할 경우에는 납세자의 선택에 의하여 납세자에게 유리한 높은 한계세율이 적용되는 자산부터 적용한다.

한달 전까지만 하더라도 장기보유특별공제와 양도소득 기본공제는 50%, 60%의 중과세율에 가려서 빛을 보지 못하였었다. 하지만 4월 통과 예정인 개정세법안을 보면 정부는 다주택자와 비사업용 토지에 대한 중과세율을 기본세율로 변경하였다.

따라서 앞으로는 장기보유특별공제 및 기본공제의 적용 여부가 양도소득세 계산에서 주요 이슈로 등장할 것으로 본다. 절세를 위해서 연수에 따라 높아지는 장기보유 특별공제와 1년에 1회 뿐인 양도소득 기본공제 적용이 될 수 있도록 양도 시기를 조절하는 것도 세테크의 일환일 것이다.