서울 지역에서 보증금 5,500만원이며 월세 50만원이며, 계약금 500만원으로 확정일자는 받았는데 전입신고는 받을 수 없습니다.은행 빚이 3억 9천만 원이 있습니다.
문제는, 내일이 전입하기로 된 날인데도 불구하고 3층의 발코니 문제가 걸려서 아직 준공이 떨어지질 않았다고 합니다. 주인한테서 연락이 와서는 이사날짜를 미루면 안 되겠냐고 하는데, 저는 더 이상 날짜를 절대 미룰 수 없는 처지입니다. 어찌 그런 집에 모든 잔금을 치르고 들어가라는 것이냐고 했더니 현금보관증을 써 줄 테니 자기네들한테 돈을 맡겨놓으랍니다.
1. 잔금 5천만 원 중 일부를 먼저 주인에게 내고 각서를 쓴 다음 입주한 후 확정일자만이라도 받아놓는 것이 지금 상황에서 최선의 선택일까요?
2.  1의 상황대로 했을 때, 계약서에 특약사항으로 명시해야 하는 것들에 대해 최대한의 법적 보호를 받을 수 있는 것들인가요?
3. 기타 하시고 싶으신 말씀 주시면 감사하겠습니다.

질문 1. 잔금 5천만 원 중 일부를 먼저 주인에게 내고 각서를 쓴 다음 입주한 후 확정일자만이라도 받아 놓는 것이 지금 상황에서 최선의 선택일까요?

(1)  현재는 무슨 수단을 쓴다고 해도 거의 보호 자체는 받을 수 없는 상황 입니다.
여기에 많은 근저당 금액이 설정되어 있어서 이자나 원금의 연체 등이 문제가 되면 "경매"가 될 수 있는 가능성이 있어서 보호가 필요할 수밖에 없습니다.
(2)  등기도 할 수 없는 상황, 전입신고도 하기 어려운 상황... 각서를 공증을 받는다고 해도 그렇게 크게 도움이 될 수 있는 상황이 아니라서 문제가 됩니다.
(3)  그럼 차선의 방법으로 일부의 돈만 주고 전입신고나 전세권 등기를 할 수 있어 완전히 문제가 없었을 때 완불이라는 방법이 최선의 방법입니다.
(4)  알고 계시겠지만 확정일자는 받을 수 있지만 전입신고가 없어서 확정일자로서의 효력은 없습니다. 
우선변제를 받을 수는 없게 되니 당장은 전입신고 할 수 있는 날까지는 유보가 되어 있다고 생각하시면 될 것입니다.
(5)  이렇다면 하나의 방법은 토지에는 등기부가 있어서 근저당이 3억 9천 정도가 근저당으로 잡혀 있는데요, 그럼 토지에 보증금만큼의 저당권을 설정해 달라고 하시면 문제가 되지 않을 수 있습니다.

질문 2.  1의 상황대로 했을 때, 계약서에 특약사항으로 명시해야 하는 것들에 대해 알려주세요.(제가 최대한의 법적 보호를 받을 수 있는 것들이요.)
(1)  특약사항을 아무리 많이 두었어도 일단 재산이 문제가 되어 경매로 나가면 망한 사람이라 어디 다른 재산도 없다고 하면 단서는 있으나 마나가 됩니다.
      그래서 별다른 좋은 단서는 두어야 유명무실 할 수밖에 없습니다.
(2)  그래서 들어갈 때 잔금 중 일부만을 지불하는 경우에는 "입주 시에는 (          )원을 지불하며 전입신고가 가능하면 잔금의 전부 (               )원을 지불한다."라고 쓰시면 될 것입니다.
(3)  위의 것을 못해준다고 하면 "보증금 (              )원에 해당하는 금액을 토지에 저당권 (                  )원에 등기하기로 한다."라고 단서를 쓰고 전부를 지불할 수도 있을 것입니다.
질문 3. 기타 하시고 싶으신 말씀 주시면 감사하겠습니다.
(1)  고민하시는 것처럼 민법상 등기도 불가능하고, 주택임대차 보호법상 "전입신고"도 불가능하여 보호 수단을 찾기는 정말 문제가 있습니다. 그렇다고 못 들어간다고 계약을 포기는 못해 들어가야 하는 방법밖에는 없어 일단 입주는 하시는데 선택을 하셔야 할 것입니다.
(2)  가장 최선의 방법은 생각하시는 것처럼 금액을 줄여서 일부만 주고 입주하는 것이 좋을 듯합니다.
     경매가 들어간다고 해도 쉽게 끝나지 않으니 최소 8개월이 걸리면 월세를 안내고 소진시키면 될 것이니 더 안전할 수 있을 것입니다.
(3)  준공이야 지금 당장은 문제가 걸린 것 같지만 안나지는 않을 것입니다.
      당장 몇 달 아니면 며칠이 문제가 될지도 모를 상황의 무방비 상태인 문제를 어떻게 해결하느냐가 문제가 될 것으로 보입니다.
(4)  차선의 방법은 토지에 근저당 설정하는 것 이 둘 중 하나를 선택하시는 것이 좋을 듯합니다.
결론적으로 계약금은 크지 않아서 포기는 할 수 있기도 하지만, 당장은 입주를 할 수밖에는 없는 상황이니  일부를 주고 들어가시거나 토지에 보증금만큼의 근저당을 설정하기로 주인과 "합의"를 하고 들어가시면 될 것입니다.